De exploitatiesteun voor biomethaan werd afgeschaft in 2022, als een van de acties van het Warmteplan 2025. De Vlaamse Regering geeft prioriteit aan warmtebenutting voor biogas en is van oordeel dat biomethaan in verhouding duurder is en minder klimaatvoordelen oplevert dan biogas in een WKK of boiler.
De operationele ondersteuning voor biomethaan werkte door het toekennen van groenestroom- en warmte-krachtcertificaten indien het biomethaan werd gevaloriseerd in een WKK. Het VEKA beschouwde in deze situatie beide sites (biomethaan en externe WKK) als één project. Dat impliceerde dat beide sites voor de duurtijd van de steunperiode aan elkaar verbonden bleven en een langdurig engagement met elkaar aangingen.
Slechts één biomethaaninstallatie in Vlaanderen heeft effectief certificaten aangevraagd en toegewezen gekregen voor de productie en gebruik van biomethaan in Vlaanderen. Het feit dat beide sites tot hetzelfde subsidiedossier moesten behoren en er een langdurig engagement moest aangegaan worden, vormde een grote barrière.