Biogas-E ontstond in 2004 aan de vakgroep milieukunde van HOWEST (Hogeschool West-Vlaanderen) in Kortrijk. Aanzet tot de start van de vzw was het KIV-project ‘Optimalisatie van de biogasproductie van anaerobe vergisters voor verwerking van mest, industrieel organisch afval en GFT-afval’. Toen dit project ten einde liep in 2000 werd het verder gezet door het HUBO-project 'Platform voor de implementatie van anaerobe vergisting in Vlaanderen'. De vele positieve reacties op het werk van beide projecten bewezen het nut van een platform voor anaerobe vergisting. Eind 2004 kreeg het platform dan eindelijk een opvolger onder de vorm van een vzw. 'Biogas-E vzw' moet de activiteiten van het vroegere platform verderzetten en uitbreiden. Biogas-E vzw streeft naar een maximale benutting van het biogaspotentieel in Vlaanderen en zal zo veel mogelijk initiatieven m.b.t. anaerobe vergisting objectief begeleiden.
Biogas-E vzw wordt daarvoor deels structureel ondersteund door het Vlaams Energie- en Klimaatagentschap (VEKA) en haalt haar financiering voor het overige uit project- en ledenwerking.